Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Гадюка попыталась проглотить зайчонка в десять раз тяжелее себя Гадюка попыталась проглотить зайчонка в десять раз тяжелее себя

Некоторые змеи способны целиком проглатывать добычу, которая очень велика

N+1
Вспоминают о съемках, как о ночном кошмаре: как сложилась судьба актеров сериала Вспоминают о съемках, как о ночном кошмаре: как сложилась судьба актеров сериала

"Альф" закончился более 20 лет назад, интересно, что стало с героями сериала?

VOICE
Прием гипотензивных препаратов вечером обеспечил лучший контроль давления Прием гипотензивных препаратов вечером обеспечил лучший контроль давления

Как контроль приема гипотензивных препаратов контролирует гипертензию

N+1
Генетики нашли сходство в ДНК у неродственных двойников Генетики нашли сходство в ДНК у неродственных двойников

Так ли похожи неродственные двойники?

N+1
«Эффект кислого винограда»: как неудачи и страх провала мешают нам исполнять мечты «Эффект кислого винограда»: как неудачи и страх провала мешают нам исполнять мечты

Почему мы бессознательно обесцениваем то, что раньше вдохновляло?

Forbes
Материнская депрессия: как проходит групповая терапия для мам Материнская депрессия: как проходит групповая терапия для мам

Рассказываем об опыте потока психотерапевтической группы «Мама в порядке»

Psychologies
Куркумин и антибиотики в кухонном шкафу: что нужно есть, чтобы повышать иммунитет Куркумин и антибиотики в кухонном шкафу: что нужно есть, чтобы повышать иммунитет

Отрывок из книги «Что мы знаем (и не знаем) о еде»

Forbes
Тянет на солёное и поплакать: ранние признаки беременности Тянет на солёное и поплакать: ранние признаки беременности

Как уловить изменения в своем теле на ранних сроках беременности

VOICE
«Театр — лучший психолог»: режиссер Юрий Грымов об абортах, антиутопиях и психотерапии «Театр — лучший психолог»: режиссер Юрий Грымов об абортах, антиутопиях и психотерапии

Театральный режиссер Юрий Грымов — о вечных и устаревающих текстах

Psychologies
Космическая медицина на орбите и на Земле Космическая медицина на орбите и на Земле

Как медики изучают влияние космического полета на организм

ТехИнсайдер
Человечество может погибнуть при экстремальных вариантах изменения климата Человечество может погибнуть при экстремальных вариантах изменения климата

«Четырех всадника» климатического апокалипсиса

ТехИнсайдер
В пищевых добавках обнаружили избыток вещества, составляющего основу для лекарства от болезни Паркинсона В пищевых добавках обнаружили избыток вещества, составляющего основу для лекарства от болезни Паркинсона

Пищевые добавки могут содержать необычайно высокие уровни молекулы леводопа

ТехИнсайдер
Возвращение бизонов сделало растительность прерий более разнообразной Возвращение бизонов сделало растительность прерий более разнообразной

Реинтродукция бизонов положительно сказывается на местной флоре

N+1
Почему мужчина не дарит подарки и должен ли: мнение психолога Почему мужчина не дарит подарки и должен ли: мнение психолога

Каждой девушке хочется чувствовать себя особенной в глазах мужчины

Psychologies
8 программ для записи видео с экрана ноутбука 8 программ для записи видео с экрана ноутбука

Самые подходящие программы для записи видео с экрана компьютера

CHIP
Почему императоров убивают? Пример из истории России Почему императоров убивают? Пример из истории России

Почему убили императора Павла I

ТехИнсайдер
8 фильмов для тех, кто не готов прощаться с летом 8 фильмов для тех, кто не готов прощаться с летом

Чтобы задержаться в атмосфере лета, достаточно включить любой фильм из подборки

Psychologies
Жители эллинистической Береники разнообразно использовали ракушки от съеденных моллюсков Жители эллинистической Береники разнообразно использовали ракушки от съеденных моллюсков

Морские ресурсы играли важную роль в жизни эллинистической Береники

N+1
«Мы выдернули ребенка в неизвестность»: как россиянки эмигрируют с детьми «Мы выдернули ребенка в неизвестность»: как россиянки эмигрируют с детьми

Каково это объяснять ребенку, что семья не вернется домой?

Forbes
Еда от дьявола: какие продукты было запрещено употреблять в пищу на Руси Еда от дьявола: какие продукты было запрещено употреблять в пищу на Руси

Почему некоторые привычные нам продукты запрещались на Руси волею правителей

ТехИнсайдер
Завещать лайки и разделить подписчиков: как можно распорядиться аккаунтом в соцсетях Завещать лайки и разделить подписчиков: как можно распорядиться аккаунтом в соцсетях

Можно ли продать популярный аккаунт за долги обанкротившегося владельца?

Forbes
Три женские ошибки, с которыми мы не будем мириться: позиция мужчин Три женские ошибки, с которыми мы не будем мириться: позиция мужчин

Что для людей становится «точкой невозврата» в отношениях

Psychologies
Как правильно закусывать? Как правильно закусывать?

Классические сочетания алкогольных напитков и еды, полезные и вредные комбинации

Maxim
К внутренней свободе: три фильма «Докера» о том, как женщины переписывают свою судьбу К внутренней свободе: три фильма «Докера» о том, как женщины переписывают свою судьбу

В конкурс фестиваля вошли ленты о токсичных отношениях и переосмыслении травм

Forbes
«Лавка Болотова». Как металлург из Тулы стал поставщиком помидоров в White Rabbit, Selfie и рестораны Новикова «Лавка Болотова». Как металлург из Тулы стал поставщиком помидоров в White Rabbit, Selfie и рестораны Новикова

Можно ли бросить всё, сделать ставку на продажу овощей и выиграть?

Inc.
Зависимость от новостей связана не только с проблемами психологического здоровья, но и физического Зависимость от новостей связана не только с проблемами психологического здоровья, но и физического

Думскроллеры чаще страдают от стресса и физического недомогания

ТехИнсайдер
Право матери-ехидны. Как наладить отношения с детьми, если после развода они остались с отцом Право матери-ехидны. Как наладить отношения с детьми, если после развода они остались с отцом

Как матери вести себя после развода и расставания с детьми?

СНОБ
Обзор Keyran: программы для создания и запуска макросов Обзор Keyran: программы для создания и запуска макросов

Макросы можно использовать как в играх, так и в обычной жизни

CHIP
«Разные инструменты давления на жертву»: чем отличается буллинг у детей и взрослых «Разные инструменты давления на жертву»: чем отличается буллинг у детей и взрослых

Травля в детских и взрослых коллективах проходит по-разному.

Forbes
Газлайтинг: насилие, о котором не говорят Газлайтинг: насилие, о котором не говорят

Чем опасно постоянное обесценивание наших переживаний и суждений

Psychologies
Открыть в приложении