Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Зоологи подтвердили крайнюю редкость рака у черепах Зоологи подтвердили крайнюю редкость рака у черепах

Почему злокачественные опухоли редко встречаются у черепах

N+1
Онлайн-фитнес, технологии машинного обучения и Agritech: в какие проекты инвестирует новый фонд Phystech Leadership Fund Онлайн-фитнес, технологии машинного обучения и Agritech: в какие проекты инвестирует новый фонд Phystech Leadership Fund

Какие проекты пользуются популярностью у инвесторов?

Популярная механика
Строительство на Марсе: как грибы и цианобактерии помогут развитию колоний Строительство на Марсе: как грибы и цианобактерии помогут развитию колоний

Для строительства на Марсе не понадобятся ракеты с рабочими материалами

ТехИнсайдер
Менделееву и не снилось: что может сделать фотонный кристалл с энергией ионизации атома Менделееву и не снилось: что может сделать фотонный кристалл с энергией ионизации атома

Ученые выяснили, как можно управлять энергией ионизации

N+1
Мы выбираем друг друга не случайно Мы выбираем друг друга не случайно

Выбор партнера предопределен всем предшествующим ходом нашей жизни

Psychologies
«Стрела летит не в вас»: как отвечать на сложные и неприятные вопросы «Стрела летит не в вас»: как отвечать на сложные и неприятные вопросы

Как правильно реагировать на неуместный комментарий

Forbes
5 историй любви известных художников 5 историй любви известных художников

Какими были жены известных русских художников?

Культура.РФ
Закрученный сюжет Закрученный сюжет

Может ли курортный роман стать счастливым билетом в новую жизнь?

Добрые советы
Без WhatsApp и СМС: радиосвязь и проблемы защиты информации в первой половине XX века Без WhatsApp и СМС: радиосвязь и проблемы защиты информации в первой половине XX века

Как передать сообщение по радио так, чтобы его понял только адресат

Популярная механика
Разогнать облака над Америкой: как двое россиян захватывают рынок экспресс-доставки продуктов в Нью-Йорке Разогнать облака над Америкой: как двое россиян захватывают рынок экспресс-доставки продуктов в Нью-Йорке

Как двое россиян заметили пустующую нишу на американском рынке

Forbes
Истребитель дронов Истребитель дронов

Российская компания представила первый в мире беспилотный истребитель дронов

Популярная механика
Что читать в мае: 5 увлекательных книг — о смерти, цифровых платформах и о том, куда приводят пробежки в парке Что читать в мае: 5 увлекательных книг — о смерти, цифровых платформах и о том, куда приводят пробежки в парке

Пять книг, которые стоит прочитать на длинных праздниках

Esquire
«Ещё вопрос, как обернулось бы дело» «Ещё вопрос, как обернулось бы дело»

О значении ленд-лиза для Победы

Дилетант
«Битва за Версаль», бал Трумена Капоте, взлет и падение: что нужно знать о дизайнере Рое Холстоне «Битва за Версаль», бал Трумена Капоте, взлет и падение: что нужно знать о дизайнере Рое Холстоне

Почему дизайнер Рой Холстон интересен даже тем, кто далек от моды

Esquire
Красота против природы Красота против природы

История картины «Всадница» Карла Брюллова

Вокруг света
Жванецкий, Ерофеев и Петров-Водкин. 20 аудиокниг для дачников, путешественников и тех, кто на майские останется дома Жванецкий, Ерофеев и Петров-Водкин. 20 аудиокниг для дачников, путешественников и тех, кто на майские останется дома

Аудиокниги для путешественников, домоседов и тех, кому нравится работать

СНОБ
Древним австралийцами разрешили приходить в Сахул с севера и юга Древним австралийцами разрешили приходить в Сахул с севера и юга

С какой скоростью и какими путями заселялся древний материк Сахул

N+1
У зараженных пчел обнаружили повышенный уровень феромона тревоги У зараженных пчел обнаружили повышенный уровень феромона тревоги

Повышение феромона тревоги может быть опасным для пчел

N+1
Как расшифровывать буквенные индексы в названиях автомобилей Как расшифровывать буквенные индексы в названиях автомобилей

GTi, HDi, X-Line — вот это вот все, и что оно означает

Maxim
Николаевская Россия Николаевская Россия

Интервью с великим и прекрасным Николаем Усковым

GQ
Удивительные сексуальные обычаи Древнего Китая Удивительные сексуальные обычаи Древнего Китая

Жители Древнего Китая были те еще затейники!

Maxim
Кузены по оружию. Почему инцидент с Протасевичем не изменит отношение Путина к Лукашенко Кузены по оружию. Почему инцидент с Протасевичем не изменит отношение Путина к Лукашенко

Судьба российской власти накрепко связана с судьбой белорусского режима

СНОБ
Как удалить аккаунт в ВК с телефона или ПК Как удалить аккаунт в ВК с телефона или ПК

Как временно удалить аккаунт в ВК или избавиться от страницы навсегда

CHIP
Как перестать бояться возраста? Рассказывает Михаил Лабковский Как перестать бояться возраста? Рассказывает Михаил Лабковский

Страх возраста — это страх остаться один на один с собой

Cosmopolitan
А был ли мальчик? А был ли мальчик?

Джастин Бибер вступил в опасный для американских артистов возраст 27 лет

GQ
Когда весна не в радость: как победить аллергический ринит Когда весна не в радость: как победить аллергический ринит

Как отличить аллергию от простуды и как бороться с аллергическим ринитом

РБК
Вне зоны доступа Вне зоны доступа

Проверь – не забываешь ли ты ухаживать за «секретными» зонами лица и шеи

Лиза
В уездном городе N-ске. Часть 2 В уездном городе N-ске. Часть 2

Вымышленные города на страницах русской классики. Часть 2

Культура.РФ
От «Матрицы» до «Сноудена»: лучшие фильмы всех времен про хакеров и программистов От «Матрицы» до «Сноудена»: лучшие фильмы всех времен про хакеров и программистов

Список лучших картин о хакерах, программистах и системах безопасности

Playboy
Даосская «суперсила» Дэ: создаем гармонию внутри и снаружи Даосская «суперсила» Дэ: создаем гармонию внутри и снаружи

Какие практики помогают приблизиться к состоянию гармонии

Psychologies
Открыть в приложении